Las aplicaciones que se integran bien en Gnome, o que son oficialmente parte del mismo como Rhythmbox tienen, a mi modo de ver, una pequeña desventaja (para muchos será ventaja), y es que los ficheros de configuración quedan más esparcidos por el disco duro, siendo más difícil su localización.
En el caso de Rhythmbox esta es la localización de las configuraciones, en caso de que queramos moverlas de usuario por algún motivo o queramos hacer copia de seguridad:
La más importante es la localización de la base de datos de todas las canciones, ya que ahí que quedan almacenadas también el número de veces que sonó una pista y la calificación que damos a las canciones (rating):
~/.local/share/rhythmbox/rhythmdb.xml
Las letras de las canciones se guardan (si no lo hemos cambiado en el plugin Song Lyrics):
~/.lyrics
Las listas de reproducción (playlists):
~/.local/share/rhythmbox/playlists.xml
Las carátulas de los discos que se van descargando mediante el plugin Cover Art:
~/.covers
Las preferencias de la aplicación se guardan en gconf (Alt+F2 – gconf-editor) en la sección /apps/rhythmbox quedando después en el disco duro almacenadas en:
/home/usuario/.gconf/apps/rhythmbox
Caché:
/home/usuario/.cache/rhythmbox
La máquina diferencial 
muy buen aporte sobre todo de las letras solo que las imagenes de los album no aparecieron
excelente muchas gracias! me has salvado de tener que volver a organizar toda mi música. Nunca había escuchado de gconf-editor. No se porque no viene en el menu principal